Nace el 8 de julio de 1893 en un gueto judío de los alrededores de Berlín. Parto difícil. Tercero y último hijo, después de dos niñas. Su padre, Nathan, comerciante de vinos, ausente con frecuencia por motivos de trabajo. De carácter encantador y a la vez colérico. Francmasón. Su madre, Amalia, judía practicante, proveniente de la pequeña burguesía. Apasionada del teatro y la ópera, inculcará esta aficción a su hijo.
Comienza estudios de Medicina.
Se alista de voluntario en la Cruz Roja. Tiene veintidós años. Al año siguiente está en el frente de Bélgica como médico en un batallón de zapadores. Recordará la experiencia de las trincheras como lo más traumático de su vida...
En 1920 tras la guerra, completa sus estudios y obtiene el doctorado en Medicina el 3 de abril por la Universidad Frederick Wilhelm de Berlín. Comparte su profesión de neuropsiquiatra con su interés por el teatro, los círculos izquierdistas y la bohemia artística. Conoce al filósofo Friedlander, cuya influencia será determinante.
Conoce a Lucy que le iniciará en una sexualidad sin tabúes.

En 1928 se establece en Berlin como psicoanalista.
En 1930 inicia su cuarto análisis, esta vez con Wilhelin Reich, por quien se sentirá entendido y con el que mantendrá admiración y amistad toda su vida. La llegada de Hitler al poder le llevará a militar en movimientos antifascistas.
En 1934 se establece en Johannesburgo. Los Perls fundan el Instituto Sudafricano de Psicoanálisis. Vienen tiempos de prosperidad y reconocimiento.
Con cincuenta y tres años decide dejarlo todo y establecerse en Estados Unidos.

Publicación de Gestalt Therapy, cuya autoría corresponde a Paul Goodman (Parte II) y Hefferline (Parte I) sobre notas manuscritas de Perls.
En 1952 los Perls fundan el Géstalt Institute of New York y al año siguiente el de Cleveland. Fritz delega la dirección en Laura y sus colaboradores. Viaja por todo el país haciendo grupos y demostraciones de terapia gestalt. Comienzan los desacuerdos con Laura y sus discípulos acerca de la ortodoxia de la terapia gestalt. De Cleveland saldrá la segunda generación de gestaltistas: Joseph Zinker, Erving y Miriam Polster...
En junio de 1969 crea el Instituto Gestáltico de Lago Cowichan (Isla de Vancouver). Lo denomina  Kibbutz gestáltico y a él vendrán una treintena de discípulos de Esalen (Teddy Lyon, Barry  Stevens, Janet Lederman...). En diciembre viaja a Europa estando enfermo.
Regresa a América en Febrero con la salud muy quebrantada. Ingresa en el Weíss Memoríal Hospítal de Chícago. Laura viene a visitarle. Tras ser operado, muere de un ataque cardíaco el 14 de marzo de 1970. La autopsia revelará cáncer de páncreas. La contracultura hippie de la época le despide como a uno de sus gurús. En su discurso fúnebre Paul Goodman lo criticará duramente hasta tal punto que Abe Levitzky organizará una segunda ceremonia de reparación en California.